U tom dijelu odredbe Pravilnika o PDV-u su bile šire od odredbi Zakona i davale su pravo na oslobođenje od PDV-a koje nije propisano Zakonom. Izmjenom Pravilnika koja je stupila na snagu 8. svibnja 2004., iz Pravilnika su brisane odredbe prema kojima su neprofitne organizacije, ustanove i udruge izjednačene s humanitarnim organizacijama i na taj način su odredbe Pravilnika usklađene s odredbama Zakona.
Navedene izmjene Pravilnika o PDV-u bile su nužne zbog sprečavanja pojava zlouporabe i otežanog nadzora provođenja poreznih oslobođenja te netransparentnosti financiranja neprofitnih udruga. Oslobođenje od plaćanja PDV-a pri nabavi dobara i usluga koje se plaćaju iz primljenih donacija (bilo domaćih ili inozemnih) nije karakteristično za sustav PDV-a. Stoga bi bilo kakvo propisivanje takve odredbe u Zakonu, bilo suprotno europskom pravu o PDV-u, a Republika Hrvatska u procesu kandidature za početak pregovora s Europskom unijom, ne može donositi propise suprotne europskom pravu.
Moramo istaknuti i da je netočna informacija da se na strane donacije plaća PDV. PDV se ne plaća na primljenu donaciju jer sam čin primanja donacije nije predmet oporezivanja. Neprofitne organizacije su u sustavu PDV-a krajnji potrošači i kao takvi oni plaćaju PDV u cijeni proizvoda i usluga koje nabavljaju, a taj porez im zaračunavaju isporučitelji dobara i usluga. Do 8. svibnja 2004. su temeljem odredbe Pravilnika o PDV-u koja ih je izjednačavala s humanitarnim organizacijama, mogli nabavljati proizvode i usluge bez plaćanja PDV-a, podnoseći isporučiteljima dobara i usluga - poreznim obveznicima potvrde Porezne uprave o pravu na porezno oslobođenje.
Također, netočni su navodi u tisku prema kojima neprofitne udruge i organizacije odjednom postaju oporezive. I do sada su kao krajnji potrošači snosili PDV koji su im zaračunali dobavljači odnosno izvršitelji usluga, osim kada su te nabave financirali iz sredstava primljenih inozemnih novčanih donacija.
Napominjemo da se i nadalje primjenjuju porezna oslobođenja od plaćanja PDV-a koja se propisana odredbama međunarodnih ugovora koji obvezuju Republiku Hrvatsku i koji u skladu s odredbom članka 140. Ustava Republike Hrvatske imaju snagu nadnacionalnog zakonodavstva. Primjeri takvih međunarodnih ugovora kojima je propisano oslobođenje od plaćanja PDV-a kad se financiraju pojedini projekti jesu ugovori s Europskom komisijom i Vladom Sjedinjenih Američkih Država.
Osim toga, i nadalje postoje porezne olakšice za pravne i fizičke osobe u vidu smanjenja osnovice za obračun poreza na dobit i poreza na dohodak, koje doniraju sredstva u naravi ili u novcu u kulturne, znanstvene, odgojno-obrazovne, zdravstvene, humanitarne, športske, vjerske i druge svrhe, udrugama i drugim osobama koje navedene djelatnosti obavljaju u skladu s posebnim propisima i to do visine od 2% prihoda ostvarenog u prethodnoj godini.
Tako da se financiranje, osim putem oslobođenja i olakšica, obavlja i dijelom izravno iz proračuna.