Sustav unutarnjih kontrola je skup načela, metoda i postupaka unutarnjih kontrola koji je uspostavila odgovorna osoba institucije u svrhu uspješnog upravljanja i ostvarenja općih ciljeva, kao što su: obavljanje poslovanja na pravilan, etičan, ekonomičan, učinkovit i djelotvoran način, usklađenost poslovanja sa zakonima i drugim propisima, zaštita sredstava od gubitaka, zlouporabe i štete, jačanje odgovornosti za ostvarenje poslovnih ciljeva te pouzdanost i sveobuhvatnost financijskih i drugih izvještaja.
Sustav unutarnjih kontrola u funkciji je dobrog financijskog upravljanja.
Financijsko upravljanje predstavlja usmjeravanje i kontroliranje financijskih učinaka poslovanja radi ostvarenja poslovnih ciljeva, koristeći pri tome sredstva na pravilan, etičan, ekonomičan, djelotvoran i učinkovit način.
Sustav unutarnjih kontrola obuhvaća sve poslovne procese koji vode k ostvarenju poslovnih ciljeva, a uspostavlja se u svim ustrojstvenim jedinicama institucije koje u skladu s danim ovlastima i odgovornostima ostvaruju te ciljeve. Odgovorna osoba institucije odgovorna je za razvoj učinkovitog i djelotvornog sustava unutarnjih kontrola unutar institucije.
Rukovoditelji ustrojstvenih jedinica odgovorni su za razvoj sustava unutarnjih kontrola u svom djelokrugu, što uključuje odgovornost za:
Za koordinaciju aktivnosti vezanih uz razvoj sustava unutarnjih kontrola na razini korisnika proračuna zadužena je ustrojstvena jedinica nadležna za financije. Ustrojstvene jedinice za financije imaju zadaću biti potpora rukovoditeljima u preuzimanju upravljačke odgovornosti za financijske učinke.
Sustav unutarnjih kontrola temelji se na pet međusobno povezanih komponenti koje su detaljno razrađene u Okviru za razvoj sustava unutarnjih kontrola koji je sastavni dio Pravilnika o sustavu unutarnjih kontrola u javnom sektoru. (u izradi)
Unutar Okvira, uvažavajući brojne zakone i podzakonske propise koji uređuju pojedina područja poslovanja, ali i svoje specifičnosti i posebnosti u poslovanju, institucije razvijaju sustave unutarnjih kontrola.