Središnja harmonizacijska jedinica još od pretpristupnog razdoblja od prosinca 2003. godine aktivno sudjeluje u provođenju projekata financiranih iz sredstava Europske unije, što je nastavila i nakon pristupanja Europskoj uniji.
U skladu s razvojem sustava unutarnjih kontrola, Središnja harmonizacijska jedinica je do danas provela ukupno 7 projekata u suradnji s institucijama ugovarateljima iz zemalja članica Europske unije. Projekti su ugovoreni u cilju pružanja potpore daljnjem razvoju sustava unutarnjih kontrola te razmjene iskustava Republike Hrvatske i zemalja članica Europske unije vezano uz uspostavu sustava unutarnjih kontrola.
Europska unija pružila je pomoć u razvoju sustava unutarnjih kontrola u javnom sektoru Republike Hrvatske kroz sljedeće projekte:
Osim pomoći Europske unije, Republika Hrvatska također je primila pomoć iz drugih programa pomoći, posebice od Kraljevine Nizozemske kroz 2 projekta putem programa Matraflex:
Isto tako pružena je pomoć kroz projekt s nizozemskim partnerima iz Constituency Facility Support: